Анализ ДНК основан на сравнении фрагментов ДНК, называемых «генетические локусы» или просто «локусы», между предполагаемым отцом или матерью и ребёнком. Ребёнок получает одну половину своей ДНК от матери, а другую от отца. Это значит, что ребёнок и его отец или мать будут иметь между собой половину одинаковых генов.
Если мы возьмём конкретный участок ДНК ребёнка и сравним его с аналогичным участком у предполагаемого родителя, то с вероятностью 50% он будет одинаковый между ними. Если мы сравним 12 разных участков, то тогда, согласно законам статистики, приблизительно 6 из них будут одинаковыми. В таком случае, вероятность того что предполагаемый родитель является настоящим биологическим родителем этого ребёнка будет 99.99%.
Однако, если только 1−2 локуса из 12 изученных будут совпадать, то тогда вероятность того, что предполагаемый родитель является биологическим родителем этого ребёнка будет такая же, как и для любого другого человека взятого случайным образом. В таком случае предполагаемый родитель не может быть биологическим родителем данного ребёнка, и должно быть вынесено отрицательное заключение о генетическом родстве.